Hay veces que el Virtual Dub Mod no te deja unir dos avis por que dice que los audios tienen distinto formato, esto pasa con los mp3 VBR normalmente, y la solucion consistia en pasarlo a WAV y recomprimir a mp3 cbr.
Estos mp3 cuando se extraen, te marcan una duración erronea y hace imposible que el Virtual Dub pueda unir dos videos y mantener la sincronía del audio.
MP3 Tag Studio es un software para renombrar los tags, pero que tiene una utilidad para reparar mp3.
He probado con el audio de un mp3 vbr de unos avis que habia extraido por que no me dejaba unirlo y que me marcaban una duracion bestial cuando lo habría en el winamp. Los he reparado con esta herramienta en un minuto, los he vuelto a multiplexar con sus correspondientes videos y después ya me ha dejado unir los avis sin problema

Se acabo el tener que pasar audios a WAV y luego tener que recomprimir, cosa que no siempre solucionaba el problema, ya que a veces tambien nos daban unos wav con una duracion erronea.
Esta es la página del programa:
http://www.magnusbrading.com/mp3ts/