Mirando en el IMDb, dentro de la opción de búsqueda "More searches",
buscando en el cajetín titulado "Word Search", utilizando el parámetro "Location" (en el desplegable) buscando con la palabra "Prague"..salen bastantes películas que fueron filmadas en esa ciudad (aunque no te aseguro que en la película digan que es Praga, ya sabes que a veces usan una ciudad para simular que es otra, cosas del cine). Muchas no las he visto así que no te puedo decir si Praga sale mucho o no:
Kolya (1996)
http://akas.imdb.com/title/tt0116790/
Esta película, integramente ambientada en Praga, ganó el Oscar a la mejor película extranjera. Es entretenida. Está en la mula en VOSE.
Underground (Emir Kusturica 1995)
http://akas.imdb.com/title/tt0114787/
Gran película, mi recomendación particular, tiene escenas en exteriores de Praga, aunque no recuerdo cuales. Está en la mula, VOSE.
El Barbero de Siberia (Nikita Mikhalkov 1998)
http://akas.imdb.com/title/tt0120125/
Kafka (Steven Soderbergh 1991)
http://akas.imdb.com/title/tt0102181/
A mi madre le gustan las mujeres (2002)
http://akas.imdb.com/title/tt0306432/
El Caso Bourne (2002)
http://akas.imdb.com/title/tt0258463/
Secreto en llamas (1988)
http://akas.imdb.com/title/tt0094816/
Desafío final (1995)
http://akas.imdb.com/title/tt0114432/
etc...