En principio, el proceso es similar al de unión de dos avi, pero se presenta algún que otro problema, que el codec de video usado no sea vfw, como el rv10, el h264, o que los subtítulos que lleve sean idx/sub, donde el virtualdub no lo reconoce, entonces te comento como se hace con las mkvtools, y con esto podrás unir todos los mkv que quieras, ya sean xvid, rv10.......
Para ello, y para que te familiarices con esta herramienta, pasaté por este hilo, donde explico el proceso contrario, cortar un fichero mkv, pero que lo tengas presente, sobre todo las capturas para saber donde pulsar.
Tenemos la ventana principal y pulsamos sobre Add, y escogemos el CD1, en tracks aparecerán todos los componentes que tiene el fichero matroska. Seguidamente pulsamos sobre Append, y añadimos el cd2, veremos que para diferenciarlos, en Input files añade esta simbología antes del nombre, ++>, y en la lista de tracks ocurre lo mismo, así sabemos cuales componentes son del cd1 y cuales del cd2.
Ahora solo nos queda ordenar todos los tracks de forma correcta para que no obtengamos resultados inesperados, la estructura sería así (concretamente para el padrino, aunque para el resto sería similar teniendo en cuesta esto):
Espero que haya quedado claro, parece lioso, pero luego no es tanto, luego sería multiplexar el archivo final mkv, ver resultados y tirar millas (para este proceso ver el anterior hilo sobre cómo cortar ficheros mkv).video cd1
++> video cd2
audio español cd1
++> audio español cd2
audio inglés cd1
++> audio inglés cd2
subtitulos forzados español cd1
++> subtitulos forzados español cd2
subtitulos completos español cd1
++> subtitulos completos español cd2
subtitulos forzados inglés cd1
++> subtitulos forzados inglés cd2
subtitulos completos inglés cd1
++> subtitulos completos inglés cd2
Un saludo.